スギ、ブタクサ、カモガヤなど植物の花粉が目や鼻に飛び込むと、花粉からアレルギーを作る素の、アレルゲン（抗原）が溶け出します。このアレルゲンが異物として認識されると、抗体（IgＥ）を産出し始めます。この抗体（IgE）は肥満細胞と呼ばれる細胞とくっつきやすい性質があり、毎年花粉を吸入することでこの結合がどんどん蓄積されていきます。この蓄積された肥満細胞とＩgEの結合がある程度のレベルに達すると、花粉症発症の準備が整ってしまいます。
そしてある年、新たに花粉が飛び込んでくると、肥満細胞と結合した抗体（IgE)と花粉が結合して、くっついている肥満細胞に刺激を与えます。これを抗原抗体反応と呼びます。そうすると肥満細胞は、ヒスタミンやロイコトリエンと呼ばれる物質を放出し、これが神経、血管、分泌腺組織などを刺激して、くしゃみ、鼻水、鼻づまりや目のかゆみといった症状を引き起こします。どんな人でも花粉症になるのではなく、抗体（IgE）をどんどん作ってしまう人に発病するのです。つまり、アレルギー体質といわれる人たちが発病しやすく、注意が必要です。

日本では約５０種類ほどが報告されています。代表的なものを挙げると、樹木では、スギ、ヒノキ、
シラカンバ、コナラ、マツなど、イネ科植物ではハルガヤ、オオアワガエリ、カモガヤ、草や雑草では、カナムグラ、ブタクサ、ヨモギなどがあります。